食物过敏是由于「食物过敏原」的存在所引起的异常免疫反应。有研究指出，宠物食品中的牛肉、乳制品和鱼肉等蛋白质可能是引发过敏反应的主要成分。另一方面，也有观点认为，过敏反应的根本原因不在于蛋白质的种类，而是与蛋白质在消化道被吸收时的分子大小有关。与食物不耐症不同，食物过敏会影响肠道和皮肤，是一种针对本来安全的食物成分产生的异常免疫反应。

食物不耐症是指宠物对某些食物或成分出现不良反应，通常因为缺乏足够的酵素来分解特定成分所致。常见的症状包括腹胀、腹泻等肠胃不适。食物不耐症的原因和症状与食物过敏相似，其中乳糖不耐症是一种常见的情况，这是因为体内缺乏乳糖分解酵素（Lactase），导致无法消化乳制品中的乳糖。此外，像麸质不耐症也是常见的非免疫介导性食物不良反应，这是指无法消化含有麸质的小麦、黑麦、大麦、燕麦等食物。