食物過敏是由於「食物過敏原」的存在所引起的異常免疫反應。有研究指出，寵物食品中的牛肉、乳製品和魚肉等蛋白質可能是引發過敏反應的主要成分。另一方面，也有觀點認為，過敏反應的根本原因不在於蛋白質的種類，而是與蛋白質在消化道被吸收時的分子大小有關。與食物不耐症不同，食物過敏會影響腸道和皮膚，是一種針對本來安全的食物成分產生的異常免疫反應。

食物不耐症是指寵物對某些食物或成分出現不良反應，通常因為缺乏足夠的酵素來分解特定成分所致。常見的症狀包括腹脹、腹瀉等腸胃不適。食物不耐症的原因和症狀與食物過敏相似，其中乳糖不耐症是一種常見的情況，這是因為體內缺乏乳糖分解酵素（Lactase），導致無法消化乳製品中的乳糖。此外，像麩質不耐症也是常見的非免疫介導性食物不良反應，這是指無法消化含有麩質的小麥、黑麥、大麥、燕麥等食物。