Alergi makanan terjadi akibat respons imun yang tidak normal yang dipicu oleh alergen makanan. Penelitian menunjukkan bahwa protein seperti daging sapi, susu, dan ikan dalam makanan hewan peliharaan adalah alergen yang umum. Namun, beberapa ahli percaya bahwa penyebab reaksi alergi bukanlah jenis protein itu sendiri, melainkan ukuran molekul protein saat diserap dalam saluran pencernaan. Berbeda dengan intoleransi makanan, alergi makanan memengaruhi sistem pencernaan dan kulit, menyebabkan reaksi imun yang tidak normal terhadap komponen makanan yang sebenarnya tidak berbahaya.

Intoleransi makanan merujuk pada reaksi buruk terhadap makanan atau bahan tertentu, yang sering disebabkan oleh ketidakmampuan untuk mencerna komponen tertentu dengan benar akibat kekurangan enzim yang diperlukan. Gejala umum meliputi kembung, diare, dan ketidaknyamanan gastrointestinal lainnya. Intoleransi makanan memiliki beberapa kesamaan dengan alergi makanan dalam hal gejala dan penyebabnya.

Salah satu contoh yang umum adalah intoleransi laktosa, di mana hewan peliharaan kekurangan enzim laktase, sehingga tidak dapat mencerna laktosa dalam produk susu. Bentuk umum lainnya adalah intoleransi gluten, yang terjadi ketika hewan peliharaan tidak dapat mencerna biji-bijian yang mengandung gluten seperti gandum, gandum hitam, barley, dan oat.